В данном видео показано, как защитить загрузочную флешку паролем* на загрузку и AES(256)-шифрованием, (созданную по стандартной инструкции и содержащую один раздел).
Для шифрования будет использоваться программа Disk Cryptor.

Для корректной загрузки желательно установить на флешке следующую конфигурацию разделов и загрузчиков:
MBR (Master boot record): Windows NT6 MBR
PBR (Partition boot record): BOOTMGR
Разделы (Partitions): 1 активный загрузочный раздел на флешке, файловая система: FAT32.
Следование данной конфигурации поможет избежать проблем с загрузкой.

ВНИМАНИЕ: Загрузка в режиме UEFI с зашифрованной флешки НЕВОЗМОЖНА!.
Загрузка с зашифрованной загрузочной флешки возможна ТОЛЬКО в MBR (режим BIOS/LEGACY)!.

* Пароль по умолчанию – AdminPE (регистр важен!)

P.S.: После ввода пароля и загрузки в AdminPE (32/64), зашифрованный загрузочный раздел должен быть подключен автоматически.
Если этого не произошло, подключите её к компьютеру с установленной программой Disk Cryptor, и проверьте наличие файла $dcsys$ в корне раздела, и если он отсутствует – один раз смонтируйте (Mount) и размонтируйте флешку (Unmount), затем отключите её, и снова вставьте в компьютер.
Затем проверьте наличие файла – и можете загружаться с неё.